استفاده نادرست از داروهای ضد توبرکولوز می‌تواند مقاومت دارویی ایجاد کند. این به این معناست که در ابتدا توبرکولوز حساس به دارو با تنها یک یا دو دارو درمان می‌شود، یا درمان به مدت کوتاهی انجام می‌شود یا درمان بارها قطع شده است. بیماری ناشی از باکتری‌های توبرکولوز مقاوم به دارو به داروهای معمول و استاندارد ضد توبرکولوز پاسخ نمی‌دهد. توبرکولوز مقاوم ممکن است به همان روشی که توبرکولوز حساس به دارو منتقل می‌شود، منتقل شود.
توبرکولوز مقاوم چند دارویی یا MDR-TB، یک نوع توبرکولوز است که توسط باکتری‌هایی ایجاد می‌شود که به ایزونیازید و ریفامپیسین، دو قوی‌ترین بهترین داروهای ضد توبرکولوز، پاسخ نمی‌دهند. توبرکولوز مقاوم به داروهای گسترده‌تر یا XDR-TB، یک نوع توبرکولوز مقاوم به چند دارو است که به حتی کمترین داروهای موجود پاسخ می‌دهد، از جمله موثرترین داروهای ضد توبرکولوز خط دوم.
توبرکولوز مقاوم به داروهای چندگانه در سراسر جهان یافت می‌شود. بیش از نیمی از موارد این نوع توبرکولوز در هند، چین و اتحاد جماهیر شوروی قدیمی گزارش شده است. در فنلاند، هر سال کمتر از ده مورد جدید توبرکولوز مقاوم به دارو گزارش می‌شود.
